Вы в начале боя вводите мелкий флот, для отвлечения удара флагмана, урон не может превышать структуру+щиты уничтожаемого флота, потому и получается такое значение атаки. Можете сравнить атаку матриархата со вторым раундом, где матриархат атакует КС.
Не является багом.