1. Планета полностью без защиты, проверяю на наличие ресурсов, зонды сбиты, как такое возможно?
2. Покупаю космонабор второго уровня, на очки это ни как не повлияло или существует время обновления аккаунта?
3. Члены альянса сканируют планеты шпионскими зондами, все видят результат, у меня не отображается.

Шпионские зонды не качественной сборки. Явно сэкономили на клее  Раз в сутки в 6 утра по серверу (МСК)Магия

Я бы даже сказал: Магия уровня шпионажа! 

Defencer, Если не разбираетесь, сударь, то не нужно марать белое поле

FEEG, между прочим человек дело говорит — почитай, что дают разные уровни технологии Шпионаж.
Скорее всего и защиту на планете ты не видишь из-за недостаточного уровня технологии Шпионаж.

Вышли, пожалуйста, в личку координаты планеты, которую сканил, и скрин шпионского отчёта.

RedBarmaley,  Благо не все здесь пустобрехи, уже посоветовали знающие люди, а нужно было просто, что бы глава альянса звание присвоил

на счет магии шпионажа. https://prnt.sc/r60l7b
планета абсолютно пустая. у меня 10 ур. у ишки 4 ур.

то есть мне , без альянса , вообще не светит кого то просканировать ?  

И без почётного звания

Спас должен течь - нубы должны страдать.

Такая же хрень http://prntscr.com/r8i8dl

Шпион был уничтожен анти-шпионской агентурой. И, естественно, что она невидима. 

Пора вмешаться 
Шпион всегда имеет шанс быть уничтоженным. Такова текущая механика. Логику каждый для себя может придумать сам.

Уже много предложено хороших объяснений, но я, почему-то, не вижу самой очевидной: местные жители сбили из рогатки и сдали на металлолом.